MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Lawsonia intracellularis PHE/MN1-00 plasmid 2

Total Repeats: 741

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008013	TGC	2	6	472	477	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	94972374
2	NC_008013	TGG	2	6	507	512	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	94972374
3	NC_008013	GAA	2	6	521	526	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972374
4	NC_008013	AAG	2	6	564	569	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972374
5	NC_008013	TAA	2	6	595	600	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972374
6	NC_008013	AGA	2	6	619	624	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972374
7	NC_008013	CT	3	6	2281	2286	0 %	50 %	0 %	50 %	94972375
8	NC_008013	CTT	2	6	2288	2293	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	94972375
9	NC_008013	GATG	2	8	2368	2375	25 %	25 %	50 %	0 %	94972375
10	NC_008013	TTC	2	6	2376	2381	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	94972375
11	NC_008013	A	6	6	2496	2501	100 %	0 %	0 %	0 %	94972375
12	NC_008013	T	6	6	2502	2507	0 %	100 %	0 %	0 %	94972375
13	NC_008013	AGA	5	15	2811	2825	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972376
14	NC_008013	ATT	2	6	2847	2852	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972376
15	NC_008013	GAA	2	6	2854	2859	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972376
16	NC_008013	AAG	2	6	2907	2912	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972376
17	NC_008013	GAA	2	6	2959	2964	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972376
18	NC_008013	TAT	2	6	3096	3101	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972376
19	NC_008013	GAA	2	6	3157	3162	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972376
20	NC_008013	TTA	2	6	3178	3183	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972376
21	NC_008013	ACA	2	6	3217	3222	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	94972376
22	NC_008013	ATT	2	6	3270	3275	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972376
23	NC_008013	TCT	3	9	3321	3329	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	94972376
24	NC_008013	AGT	2	6	3354	3359	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94972376
25	NC_008013	AAAAG	2	10	3397	3406	80 %	0 %	20 %	0 %	94972376
26	NC_008013	A	7	7	3412	3418	100 %	0 %	0 %	0 %	94972376
27	NC_008013	GAA	2	6	3457	3462	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972376
28	NC_008013	AAGA	2	8	3463	3470	75 %	0 %	25 %	0 %	94972376
29	NC_008013	CTTT	2	8	3491	3498	0 %	75 %	0 %	25 %	94972376
30	NC_008013	TTA	2	6	3507	3512	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972376
31	NC_008013	TGAT	2	8	3530	3537	25 %	50 %	25 %	0 %	94972376
32	NC_008013	TA	3	6	3581	3586	50 %	50 %	0 %	0 %	94972376
33	NC_008013	T	6	6	3630	3635	0 %	100 %	0 %	0 %	94972376
34	NC_008013	ACCA	2	8	3668	3675	50 %	0 %	0 %	50 %	94972376
35	NC_008013	A	8	8	3678	3685	100 %	0 %	0 %	0 %	94972376
36	NC_008013	GT	3	6	5050	5055	0 %	50 %	50 %	0 %	94972377
37	NC_008013	TGTA	2	8	5063	5070	25 %	50 %	25 %	0 %	94972377
38	NC_008013	CCA	2	6	5083	5088	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	94972377
39	NC_008013	AT	3	6	5117	5122	50 %	50 %	0 %	0 %	94972377
40	NC_008013	AAT	2	6	5149	5154	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972377
41	NC_008013	AT	3	6	5153	5158	50 %	50 %	0 %	0 %	94972377
42	NC_008013	TTG	2	6	5168	5173	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94972377
43	NC_008013	TTA	2	6	5339	5344	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972377
44	NC_008013	TGTT	2	8	5406	5413	0 %	75 %	25 %	0 %	94972377
45	NC_008013	GTT	2	6	5451	5456	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94972377
46	NC_008013	TCCA	2	8	5468	5475	25 %	25 %	0 %	50 %	94972377
47	NC_008013	GTT	2	6	5497	5502	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94972377
48	NC_008013	CAT	2	6	5642	5647	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94972377
49	NC_008013	T	6	6	5647	5652	0 %	100 %	0 %	0 %	94972377
50	NC_008013	GTT	2	6	5738	5743	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94972377
51	NC_008013	CTG	2	6	5759	5764	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	94972377
52	NC_008013	TTTGC	2	10	5785	5794	0 %	60 %	20 %	20 %	94972377
53	NC_008013	AT	3	6	5897	5902	50 %	50 %	0 %	0 %	94972377
54	NC_008013	GTT	2	6	5903	5908	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94972377
55	NC_008013	TAG	2	6	5921	5926	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94972377
56	NC_008013	ATT	2	6	5973	5978	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972377
57	NC_008013	TGT	2	6	5994	5999	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94972377
58	NC_008013	GTTT	2	8	6040	6047	0 %	75 %	25 %	0 %	94972377
59	NC_008013	TGA	2	6	6063	6068	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94972377
60	NC_008013	GA	3	6	6077	6082	50 %	0 %	50 %	0 %	94972377
61	NC_008013	GGTT	2	8	6199	6206	0 %	50 %	50 %	0 %	94972377
62	NC_008013	CAA	2	6	6248	6253	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	94972377
63	NC_008013	CCA	2	6	6502	6507	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	94972377
64	NC_008013	TAA	2	6	6576	6581	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972377
65	NC_008013	CCA	2	6	6592	6597	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	94972377
66	NC_008013	TAAGG	2	10	6645	6654	40 %	20 %	40 %	0 %	94972377
67	NC_008013	CGT	2	6	6668	6673	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	94972377
68	NC_008013	GT	3	6	6920	6925	0 %	50 %	50 %	0 %	94972377
69	NC_008013	ATT	2	6	6933	6938	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972377
70	NC_008013	TGAC	2	8	6940	6947	25 %	25 %	25 %	25 %	94972377
71	NC_008013	CCA	2	6	7015	7020	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	94972377
72	NC_008013	AATT	2	8	7055	7062	50 %	50 %	0 %	0 %	94972377
73	NC_008013	GAA	2	6	7090	7095	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972377
74	NC_008013	T	7	7	7200	7206	0 %	100 %	0 %	0 %	94972377
75	NC_008013	ACC	2	6	7422	7427	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	94972377
76	NC_008013	ATT	2	6	7519	7524	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972377
77	NC_008013	TAT	2	6	7538	7543	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972377
78	NC_008013	GTT	2	6	7581	7586	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94972377
79	NC_008013	ACC	3	9	7599	7607	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	94972377
80	NC_008013	AAT	2	6	7608	7613	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972377
81	NC_008013	TGT	2	6	7644	7649	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94972377
82	NC_008013	TAG	2	6	7661	7666	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94972377
83	NC_008013	A	7	7	7707	7713	100 %	0 %	0 %	0 %	94972377
84	NC_008013	GTTT	2	8	7724	7731	0 %	75 %	25 %	0 %	94972377
85	NC_008013	A	6	6	7761	7766	100 %	0 %	0 %	0 %	94972377
86	NC_008013	GCA	2	6	7774	7779	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	94972377
87	NC_008013	T	6	6	7784	7789	0 %	100 %	0 %	0 %	94972377
88	NC_008013	A	6	6	7806	7811	100 %	0 %	0 %	0 %	94972377
89	NC_008013	ATA	2	6	7829	7834	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972377
90	NC_008013	TTA	2	6	7855	7860	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972377
91	NC_008013	ATTAT	2	10	7861	7870	40 %	60 %	0 %	0 %	94972377
92	NC_008013	ATA	2	6	7873	7878	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972377
93	NC_008013	ATT	2	6	8333	8338	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972378
94	NC_008013	TAA	2	6	8342	8347	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972378
95	NC_008013	T	6	6	8380	8385	0 %	100 %	0 %	0 %	94972378
96	NC_008013	CTT	2	6	8387	8392	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	94972378
97	NC_008013	CTC	2	6	8468	8473	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	94972378
98	NC_008013	TAT	2	6	8573	8578	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972378
99	NC_008013	TAA	2	6	8639	8644	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972378
100	NC_008013	CTT	2	6	8660	8665	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	94972378
101	NC_008013	T	6	6	8766	8771	0 %	100 %	0 %	0 %	94972378
102	NC_008013	T	6	6	8843	8848	0 %	100 %	0 %	0 %	94972378
103	NC_008013	GTT	2	6	8909	8914	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94972378
104	NC_008013	AAG	2	6	8927	8932	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972378
105	NC_008013	TGTAT	2	10	9016	9025	20 %	60 %	20 %	0 %	94972378
106	NC_008013	AAGT	2	8	9057	9064	50 %	25 %	25 %	0 %	94972378
107	NC_008013	A	6	6	9080	9085	100 %	0 %	0 %	0 %	94972378
108	NC_008013	CAT	2	6	9098	9103	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94972378
109	NC_008013	TTCA	2	8	9123	9130	25 %	50 %	0 %	25 %	94972378
110	NC_008013	TAA	2	6	9150	9155	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972378
111	NC_008013	CTATG	2	10	9167	9176	20 %	40 %	20 %	20 %	94972378
112	NC_008013	AT	3	6	9199	9204	50 %	50 %	0 %	0 %	94972378
113	NC_008013	T	8	8	9272	9279	0 %	100 %	0 %	0 %	94972378
114	NC_008013	C	6	6	9305	9310	0 %	0 %	0 %	100 %	94972378
115	NC_008013	CTGT	2	8	9314	9321	0 %	50 %	25 %	25 %	94972378
116	NC_008013	AT	4	8	10430	10437	50 %	50 %	0 %	0 %	94972379
117	NC_008013	TAC	2	6	10474	10479	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94972379
118	NC_008013	TCG	2	6	10558	10563	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	94972379
119	NC_008013	CTTTT	2	10	10583	10592	0 %	80 %	0 %	20 %	94972379
120	NC_008013	TAGT	2	8	10599	10606	25 %	50 %	25 %	0 %	94972379
121	NC_008013	GAA	2	6	10637	10642	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972379
122	NC_008013	GAA	3	9	10646	10654	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972379
123	NC_008013	GCA	2	6	10703	10708	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	94972379
124	NC_008013	AAG	2	6	10716	10721	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972379
125	NC_008013	GAA	3	9	10757	10765	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972379
126	NC_008013	T	6	6	10817	10822	0 %	100 %	0 %	0 %	94972379
127	NC_008013	ACT	2	6	10826	10831	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94972379
128	NC_008013	TGA	2	6	10843	10848	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94972379
129	NC_008013	TGA	2	6	10876	10881	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94972379
130	NC_008013	A	6	6	10921	10926	100 %	0 %	0 %	0 %	94972379
131	NC_008013	A	6	6	10958	10963	100 %	0 %	0 %	0 %	94972379
132	NC_008013	TTG	2	6	11002	11007	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94972379
133	NC_008013	AGA	2	6	11053	11058	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972379
134	NC_008013	AAG	2	6	11094	11099	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972379
135	NC_008013	AGA	2	6	11116	11121	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972379
136	NC_008013	GTA	2	6	11127	11132	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94972379
137	NC_008013	AGC	2	6	11145	11150	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	94972379
138	NC_008013	AGG	2	6	11157	11162	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	94972379
139	NC_008013	ATA	2	6	11169	11174	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972379
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143	NC_008013	ATG	2	6	11241	11246	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94972379
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153	NC_008013	CTT	2	6	11694	11699	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	94972379
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161	NC_008013	TTA	2	6	12043	12048	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972379
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172	NC_008013	T	6	6	12768	12773	0 %	100 %	0 %	0 %	94972380
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268	NC_008013	AT	3	6	16301	16306	50 %	50 %	0 %	0 %	94972382
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301	NC_008013	TA	3	6	17574	17579	50 %	50 %	0 %	0 %	94972383
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399	NC_008013	T	6	6	21188	21193	0 %	100 %	0 %	0 %	94972387
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402	NC_008013	TTAT	2	8	21262	21269	25 %	75 %	0 %	0 %	94972387
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